次世代シーケンサーデータ解析システム(データ依頼解析サービス)
装置概要
次世代シーケンサーで得られたデータの解析を行います(本学・外注先いずれのデータも可)。例としてRNA-seqの場合はマッピング、発現定量、群間比較、クラスタリング、PCA、ヒートマップ、GO、パスウェイ(KEGG pathway等)が料金内に含まれます。
解析例として、16SメタゲノムはQiime2, TCRレパトアはMiXCR, 各種nanopore用ソフト,シングルセルはseurat,RNAseqはSTAR-RSEM,変異解析はBWA-GATK等で行っております。
不明な点はお問い合わせください。
設置場所と担当者
設置場所：霞 霞総合研究棟223号室（マップ）担当者 ：森原 なぎさ（内線6870, mail:morihara[at]）
予約・依頼方法
依頼解析のみとなっております。大学連携研究設備ネットワークよりご予約のうえ、fastq形式等のファイルと解析報告書(外注先より納品のデータの場合)を送付または共有いただくか、直接お持ちください。
データ解析終了後は解析結果と解析報告書を返却します。
料金表
※ターゲットアンプリコン等の小データ量は101サンプルから、RNAseqなどの中データ量は25サンプルから、WholeGenome等の大データ量は3サンプルから同一プロジェクトでも追加料金が発生しますので、お問い合わせください。学内利用者料金
| 基本料金 | 納期 |
|---|---|
| 15,000円/プロジェクト | 3週間～ |
学外利用者料金
| 基本料金 | 納期 |
|---|---|
| 37,500円/プロジェクト | 3週間～ |
仕様
Windows
Processor
：Intel(R) Xeon(R) Gold 6230R CPU 2.10 GHz 26-Cores 52-Threads
Main Memory
：128 GB
HDD
：16TB 6Gb/s SATA HDD × 1台
GPU
：NVIDIA RTX A2000
OS
：Windows 10 Pro for Workstations
Linux
Processor
：AMD第3世代 EPYC 7713P CPU 2.0 GHz 64-Cores 128-Threads
Main Memory
：512 GB
HDD
：4TB 6Gb/s SATA HDD × 8台 RAID6
OS
：Ubuntu 20.04
過去の解析実績
RNAseqターゲットリシーケンス
16Sメタゲノム
TCRレパトア
シングルセル
ナノポアデータ
分子バーコード有の変異解析
マイクロアレイデータ
等
